ClusterProfiler在线基因集富集分析，支持自定义基因集任意物种

基于以上测试结果，经过权衡，我们上线了基于ClusterProfiler的基因集富集分析页面。

图2. GSEA输出示例

1 ， 1，打开GSEA分析和绘图页面

首先，使用浏览器（推荐chrome或者edge）打开GSEA分析和绘图页面。左侧为常见作图导航，中间为数据输入框和可选参数，右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索gsea，找到gsea分析和绘图页面。

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_gene_set_enrichment_analysis_gsea_analysis_193

图3.GSEA分析页面

2，示例数据

点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。

图4. 输入数据示例

示例数据（仅供参考）包括2列：

第1列是基因名（symbol）

第2列是倍数变化（从大到小排列，正的在顶部，负的在底部）

注意：这里是全部的基因（例如人的约2w个基因）

3，粘贴示例数据

直接复制示例数据中的AB两列数据，然后粘贴到输入框。

注意：不是拷贝excel文件，是拷贝excel文件里边的数据。另外粘贴到输入框后，格式乱了没关系，只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格，中文字符等。

图5. 必需输入

4，修改参数，并提交

我们设置了图片尺寸，文字大小，颜色等参数，并内置了GSEA官网（http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp）的多个基因集，包括最常用的：hallmark基因集，kegg基因集等（这些基因集仅支持human）

图6.可调参数

5，提交分析

粘贴好输入数据，调整好参数（或者全部默认）后，点击提交按钮，约15秒后，会在页面右侧出现富集结果预览图和分析结果。我们提供了4种图片格式供下载使用，两种矢量图（pdf，svg）和两种标量图（600 dpi tiff和300 dpi png）。

图7.预览与下载

结果解析

该图分为3块：

最上方：Enrichment Score折线图。横坐标是排序后的基因，纵坐标是对应的Running ES, 折线的峰值是这个基因集的富集分数（Enrichment Score，ES）。正值说明在ClassA中富集，峰值左边的基因为核心基因，负值相反（见原理）

中间：基因集中基因在基因排序列表中所处的位置，也就是将图1中的三个垂直数据集转动了90度摆放。如果所研究的基因集中的基因显著聚集在左侧，则说明该基因集与ClassA相关，显著富集在右侧，说明与ClassB相关。

下方：每个基因对应的ranked list metric，以灰色面积图展示。

结果文件如下：

图8. Gsea分析结果

各列说明：

Geneset, ID，Description：基因集名字及描述

SetSize：富集到该基因集的基因个数

Enrichment score：富集分数ES

NES：标准化的ES，normalized enrichment score

Pvalue：富集的p值

p.adjust：校正p值

qvalues：qvalue

rank：排名

core_enrichment：富集到该通路的核心基因列表

一般来说：NES绝对值越大，FDR值越小，说明富集程度越高，结果越可靠。

重点来了，自定义数据集

常规的GSEA仅支持human物种，因此在对非human物种进行GSEA分析时，我们首先需要定义一个基因集，这个基因集可以来自文献，数据库等。以细胞焦亡、铜死亡、铁死亡等基因集为例，首先选择自定义基因集按钮，然后将相关基因按照自定义基因集示例格式贴到自定义输入框：

一行一个基因集。第一列是名字，第二列是来源，后续列为该基因集里边的基因，尽量避免使用特殊符号，并且这些基因名必需在你输入的全部基因里。

图9. 自定义基因集

点击提交按钮，约15s后，会在右侧出现自定义基因集的富集结果。

图10. 自定义基因集输出结果

想看你的数据是否跟最新的铜死亡，铁死亡，锌死亡，细胞焦亡等热点相关，可以先拿这些基因集跑个GSEA试试看，这就是自定义基因集的强大之处。

没有预览就是没有出图，这时请参考示例数据，检查自己输入数据的格式。

遇到文字截断，需要修改字体、调整字体大小等，使用scape软件。

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